Azerbaycan'ın üç renkli bayrağı, Azerbaycan Demokratik Cumhuriyeti Hükümeti'nin 9 Kasım 1918'deki toplantısında devlet sembolü olarak kabul edildi.
27 Nisan 1920'deki Bolşevik işgalinden sonra APC bayrağının yerini Azerbaycan SSC'nin orak-çekiçli kırmızı bayrağı aldı.
17 Kasım 1990'da Haydar Aliyev'in girişimiyle üç renkli bayrak Nahçıvan Özerk Cumhuriyeti'nin Devlet bayrağı olarak kabul edildi.
Nahçıvan Özerk Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti Yüksek Sovyeti'nin Haydar Aliyev başkanlığındaki oturumunda ilk kez Azerbaycan Demokratik Cumhuriyeti'nin üç renkli bayrağının Nahçıvan Özerk Cumhuriyeti'nin devlet bayrağı olarak kabul edilmesine karar verildi.
5 Şubat 1991 tarihinde Azerbaycan Yüksek Sovyeti'nin kararıyla mevcut üç renkli ve ay yıldızlı bayrak, bağımsız cumhuriyetin devlet bayrağı ilan edildi.
Azerbaycan Cumhurbaşkanı İlham Aliyev'in 18 Kasım 2009 tarihinde imzaladığı kararnameye göre 9 Kasım Devlet Bayrağı Günü olarak kutlanıyor. Aliyev ayrıca Milli Bayrak Günü münasebetiyle Meclis'e İş Kanunu'nda değişiklik yapılması yönünde öneri de gönderdi. Teklifi değerlendiren Milli Meclis, İş Kanunu'nda gerekli değişiklikleri yaptı ve yapılan değişikliklere göre Ulusal Bayrak Günü, çalışılmayan gün olarak kabul edildi.
1 Eylül 2010 tarihinde Azerbaycan Cumhurbaşkanı İlham Aliyev'in katılımıyla Bakü'nün Bayil bölgesinde Devlet Bayrağı Meydanı'nın tören açılışı düzenlendi. Meydanda Devlet Bayrağı Müzesi de kuruldu.
Bağımsız Azerbaycan'ın milli bayrağının üç rengiyle ifade edilen ve 20. yüzyılın başında milli bağımsızlık ideolojisinin üç temel ilkesini oluşturan "Türklük, İslamcılık ve modernlik" formülünün yazarıAzerbaycan'ın önde gelen düşünürlerinden Ali Bey Hüseyinzade'dir.
Azerbaycan Cumhuriyeti'nin milli bayrağının kullanımı, Azerbaycan Anayasası'nın 23 ve 75'inci maddeleri, Azerbaycan Cumhuriyeti "Azerbaycan Cumhuriyeti'nin Milli Bayrağı Hakkında" Kanunu ve ayrıca Bu Kanunla onaylanan "Azerbaycan Cumhuriyeti Milli Bayrağı Hakkında Yönetmelik". Azerbaycan Cumhuriyeti Devlet Bayrağının renkli ve şematik temsili söz konusu Kanun ve Yönetmelik ile onaylanmıştır.
Yönetmeliğe göre Azerbaycan Cumhuriyeti Devlet bayrağı, eşit genişlik ve uzunlukta üç yatay şeritten oluşan dikdörtgen bir bez biçimindedir: üst şerit mavi, orta şerit kırmızı ve alt şerit yeşildir. . Bayrağın her iki yanında kırmızı şerit ortasında beyaz bir hilal ve sekiz köşeli bir yıldız bulunur.
Bayrağın genişlik/uzunluk oranı 1:2'dir. Hilal ve sekiz köşeli yıldızın görüntüleri, kenar oranları 3:4 olan bir dikdörtgenin içine yerleştirilmiştir; Dikdörtgenin köşegeni bayrağın genişliğinin 1/2'sine eşittir. Hilal görüntüsü, eşmerkezli olmayan (aynı merkeze sahip) iki dairenin parçaları biçimindedir; Büyük dairenin çapı dış dikdörtgenin genişliğine eşit, küçük dairenin çapı ise bayrak genişliğinin 1/4'ü kadardır. Küçük dairenin merkezi, bayrağın geometrik merkezinin solunda, bayrak genişliğinin 1/60'ı kadar uzaklıkta bulunmaktadır. Hilalin sağında sekiz köşeli yıldız görüntüsü yer almakta olup, yıldızın dış çemberinin çapı bayrak genişliğinin 1/6'sı, iç çemberin çapı ise 1/12'dir.
Azerbaycan Cumhuriyeti'nin ulusal bayrağı ve görüntüsü, boyutları ne olursa olsun, her zaman görsellerle tam olarak eşleşmelidir.